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Clinical data analysis

Skill palmiro72-coder/palmiros-claude/plugins/palmiros-clinical-br/skills/clinical-data-analysis

Marketplace de plugins do Claude Code — 14 skills agrupadas em 5 plugins: operações clínicas BR (endo + derm), revenue cycle US, pesquisa científica (harmonia sexagesimal + patentes + mineração), criação visual via Gemini e SecOps/infra.

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npx -y skills add palmiro72-coder/palmiros-claude --skill clinical-data-analysis

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Analisa dados clínicos, laboratoriais e de pesquisa para endocrinologia. Processa CSV, Excel, bioimpedância. Gera sumários estatísticos e visualizações.

SKILL.md

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Clinical Data Analysis — Skill de Análise de Dados Clínicos

Análise estatística e visualização de dados para prática clínica endocrinológica e pesquisa acadêmica.

Capacidades

1. Análise de Dados de Pacientes

  • Evolução temporal de parâmetros (peso, IMC, circunferências, labs)
  • Análise de composição corporal (bioimpedância seriada)
  • Correlações entre variáveis clínicas e laboratoriais
  • Estratificação de risco metabólico
  • Curvas de resposta terapêutica

2. Estatística para Pesquisa

  • Teste t, Mann-Whitney, Wilcoxon
  • ANOVA / Kruskal-Wallis
  • Regressão linear e logística
  • Curvas ROC e AUC
  • Análise de sobrevida (Kaplan-Meier)
  • Tamanho amostral e poder estatístico
  • Meta-análise (forest plots, funnel plots)

3. Validação de IA Médica

  • Sensibilidade, especificidade, VPP, VPN
  • Matrizes de confusão
  • Curvas ROC para modelos de classificação
  • Validação cruzada k-fold
  • Concordância inter-observador (Kappa de Cohen)
  • Bland-Altman plots
  • Calibração de modelos (Hosmer-Lemeshow)

4. Dashboards Clínicos

  • Perfil de pacientes por diagnóstico
  • Distribuição de comorbidades
  • Tempo médio de espera / follow-up
  • Indicadores de qualidade assistencial
  • Análise financeira da clínica

Parâmetros Endocrinológicos Comuns

Perfil Tireoidiano

ExameUnidadeReferênciaNotas
TSHmUI/L0.4 - 4.0Ultrassensível
T4 Livreng/dL0.7 - 1.8
T3 Totalng/dL80 - 200
Anti-TPOUI/mL< 35Autoimunidade
Anti-TgUI/mL< 115
Tireoglobulinang/mL< 77Seguimento ca tireoide

Perfil Metabólico

ExameUnidadeReferência
Glicemia jejummg/dL70 - 99
HbA1c%< 5.7 (normal), < 7.0 (DM controlado)
Insulina basalµUI/mL2.6 - 24.9
HOMA-IR-< 2.71
Colesterol totalmg/dL< 190
LDLmg/dLConforme risco CV
HDLmg/dL> 40 (H), > 50 (M)
Triglicéridesmg/dL< 150

Perfil Hormonal

ExameUnidadeNotas
Cortisol 8hµg/dL6.2 - 19.4
ACTHpg/mL7.2 - 63.3
IGF-1ng/mLAjustar por idade
GH basalng/mL< 3.0
Testosterona totalng/dL249-836 (H)
Estradiolpg/mLConforme fase do ciclo
PTHpg/mL15 - 65
25-OH Vitamina Dng/mL30 - 60 (suficiente)
Cálcio iônicommol/L1.12 - 1.32

Ferramentas Estatísticas

Python (preferido)

# Bibliotecas core
import pandas as pd
import numpy as np
import scipy.stats as stats
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from sklearn.metrics import roc_curve, auc, confusion_matrix
import statsmodels.api as sm

Visualizações Padrão

  • Evolução temporal: Line plot com IC 95%
  • Distribuição: Histogramas com KDE overlay
  • Correlação: Scatter plots com regressão + r²
  • Comparação de grupos: Box plots / Violin plots
  • ROC: Curva com AUC e IC bootstrap
  • Forest plot: Para meta-análises
  • Waterfall plot: Para variação individual

Formatação de Gráficos Clínicos

# Paleta médica padrão
COLORS = {
    'normal': '#2ecc71',
    'borderline': '#f39c12',
    'alterado': '#e74c3c',
    'referencia': '#95a5a6',
    'primary': '#3498db',
    'secondary': '#9b59b6'
}

# Estilo padrão
plt.style.use('seaborn-v0_8-whitegrid')
plt.rcParams['font.family'] = 'sans-serif'
plt.rcParams['font.size'] = 11
plt.rcParams['figure.dpi'] = 150

Validação de IA Dermatológica (Pesquisa Doutoral)

Métricas Obrigatórias

  1. Acurácia global e por classe
  2. Sensibilidade/Especificidade por lesão
  3. Curva ROC multiclasse (one-vs-rest)
  4. Matriz de confusão normalizada
  5. Concordância IA vs dermatologista (Kappa ponderado)
  6. Calibração (reliability diagram)

Framework de Validação

DATASET
├── Treino (70%)
├── Validação (15%)
└── Teste (15%) — nunca tocado até avaliação final

AVALIAÇÃO
├── Validação cruzada 5-fold no treino
├── Métricas no conjunto de teste
├── Comparação com dermatologistas (ground truth)
└── Análise de subgrupos (fototipo, localização, tamanho)

Fluxo de Análise

  1. Receber dados (CSV, XLSX, ou entrada manual)
  2. Validar integridade e qualidade dos dados
  3. Explorar estatística descritiva e distribuições
  4. Analisar conforme objetivo (comparação, correlação, predição)
  5. Visualizar com gráficos publicação-ready
  6. Gerar relatório com interpretação clínica
  7. Exportar em formato solicitado (xlsx, pdf, png)

Exemplos de Uso

  • "Analise a evolução de TSH destes 50 pacientes ao longo de 12 meses"
  • "Calcule o HOMA-IR e estratifique o risco metabólico desta coorte"
  • "Gere uma curva ROC para o modelo de classificação de lesões dermatológicas"
  • "Compare os resultados de perda de peso entre semaglutida e tirzepatida neste dataset"
  • "Monte um dashboard dos KPIs da clínica no último trimestre"
  • "Faça a análise estatística para o artigo sobre validação de IA dermatológica"

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