Gtopdb pharmacology database

何时使用

当你需要在 IUPHAR/BPS 药理学指南（GtoPdb，人工策展的受体药理学库：靶点、配体、定量相互作用、867 个 IUPHAR 家族）检索数据时使用。基址 https://www.guidetopharmacology.org/services，返回 JSON，免鉴权。典型场景：

• 查某配体在某靶点上的亲和力（pKi / pIC50 / pKd）
• 列出某受体（如 μ-阿片受体 / OPRM1）的全部已标注配体
• 查配体获批状态（approved=true）及其交叉引用（PubChem CID、ChEMBL ID、DrugBank ID）
• 取 IUPHAR 家族层级做受体分类
• 拉结构描述符（SMILES、InChI、InChIKey）供化学信息学使用
• 映射 HGNC 符号 → UniProt → GtoPdb 靶点 ID 做跨库整合

不该用本技能的边界：

• 需要更大规模生物活性数据集（240 万+ 化合物）→ 用 chembl-bioactivity-database（GtoPdb 策展、量小但标注更深）
• 需要 FDA 获批药物标签 / 监管文本 → GtoPdb 只做药理学，不含监管文本
• 仅做 SMILES 操作 / 指纹 / 描述符 → 用 cheminformatics-toolkit

核心心智模型：GtoPdb 的基础记录刻意精简——基础 /targets/{id} 与 /ligands/{id} 只含 ID 和家族指针，没有基因符号、UniProt、SMILES、ChEMBL。要拿这些数据必须读子资源。

步骤 / 指令

1. 准备环境：pip install requests pandas。无 API key。无公布速率限制，但批量循环加 time.sleep(0.2)。

2. 解析靶点（务必精确匹配）：用 geneSymbol=<HGNC> 或 accession=<UniProt> 查 /targets，二者皆为精确匹配。绝不用 name=——它跨所有字段模糊匹配，会静默返回错误靶点（如 name=beta-2 同时命中 PLC β2、GABA_A β2、β2-肾上腺素受体）。

3. 基础记录 vs 子资源（拿到 targetId/ligandId 后按需取）：

   想要	端点
   基因符号 / UniProt / HGNC / ChEMBL Target	/targets/{id}/databaseLinks
   靶点同义词	/targets/{id}/synonyms
   物种标注	/targets/{id}/databaseLinks（每行带 species）
   靶点的相互作用 / 亲和力	/targets/{id}/interactions
   SMILES / InChI / InChIKey	/ligands/{id}/structure
   PubChem CID / ChEMBL / DrugBank / CAS / ChEBI	/ligands/{id}/databaseLinks
   配体药理学摘要（长文本）	/ligands/{id}/pharmacology

4. 过滤相互作用只走子资源端点：/targets/{id}/interactions 或 /ligands/{id}/interactions。/interactions?targetId=… 的 targetId/ligandId/targetType/ligandType 参数被静默忽略——任何过滤都返回约 28 万行。

5. 取获批药物用服务端别名 type=Approved：查 /ligands?type=Approved 返回全部 approved=true 配体（约 2197 个）。approved=true 查询参数被静默忽略。

6. 家族端点是 /targets/families（不是 /families，后者 404），返回约 867 个 IUPHAR 家族，每个含 targetIds。

7. 亲和力字段是字符串：affinityParameter ∈ {pKi,pKd,pIC50,pEC50,pA2,pKB}；affinity 可为数值（"9.4"）、区间（"8.5-9.0"）或带限定符（"~7.5",">8"）。务必 pd.to_numeric(..., errors="coerce") 转换。

示例

快速上手 — 解析靶点 + 读基础记录：

import requests
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

# geneSymbol / accession 精确匹配（绝不用 name=）
t = requests.get(f"{BASE}/targets", params={"geneSymbol": "OPRM1"}, timeout=30).json()
print(len(t), t[0]["targetId"], t[0]["name"], t[0]["type"])  # 1 319 'μ receptor' GPCR
# UniProt 等价查法：params={"accession": "P35372"} 同样命中 319

# 基础记录只有 ID 与家族指针——没有基因符号/UniProt/SMILES
print(requests.get(f"{BASE}/targets/319", timeout=30).json().keys())
# dict_keys(['targetId','name','type','familyIds','subunitIds','complexIds'])

靶点交叉引用 + 同义词（子资源）：

import requests, pandas as pd
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

df = pd.DataFrame(requests.get(f"{BASE}/targets/319/databaseLinks", timeout=30).json())
print(df[["database", "accession", "species"]].head(8).to_string(index=False))
# ChEMBL Target / CHEMBL233, UniProtKB / P35372, HGNC / 8156 ...
syn = [s.get("name") for s in requests.get(f"{BASE}/targets/319/synonyms", timeout=30).json()]

靶点相互作用与亲和力（注意字符串转数值）：

import requests, pandas as pd
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

ints = requests.get(f"{BASE}/targets/319/interactions", timeout=60).json()  # μ receptor
df = pd.DataFrame([{
    "ligandId": i.get("ligandId"), "ligandName": i.get("ligandName"),
    "type": i.get("type"),                          # Agonist/Antagonist/Allosteric modulator/...
    "affinity": i.get("affinity"),                  # 字符串，可能是区间或带 ~/>
    "param": i.get("affinityParameter"),            # pKi/pIC50/pKd/pEC50/pA2/pKB
    "species": i.get("targetSpecies"), "primary": i.get("primaryTarget"),
} for i in ints])
df["pki"] = pd.to_numeric(df["affinity"], errors="coerce")   # 必须 coerce
print(df[df["param"] == "pKi"].sort_values("pki", ascending=False).head(8)
      [["ligandName", "type", "pki"]].to_string(index=False))

配体记录 + 结构 + 交叉引用：

import requests
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

l = requests.get(f"{BASE}/ligands/1627", timeout=30).json()           # 吗啡
s = requests.get(f"{BASE}/ligands/1627/structure", timeout=30).json() # smiles/inchi/inchiKey
print(l["name"], "approved=", l["approved"], "inn=", l.get("inn"))
print("SMILES:", s["smiles"], "| InChIKey:", s["inchiKey"])
for x in requests.get(f"{BASE}/ligands/1627/databaseLinks", timeout=30).json()[:10]:
    print(x["database"], x["accession"])     # PubChem CID / ChEMBL / DrugBank / CAS ...

家族层级 + 获批药物（服务端别名）：

import requests, pandas as pd
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

fams = pd.DataFrame(requests.get(f"{BASE}/targets/families", timeout=30).json())  # ~867
print(fams[fams["name"].str.contains("opioid", case=False, na=False)]
      [["familyId", "name"]].to_string(index=False))

# 获批药物：必须用 type=Approved 别名（approved=true 被忽略）
appr = pd.DataFrame(requests.get(f"{BASE}/ligands",
       params={"type": "Approved"}, timeout=60).json())
print("Approved:", len(appr))  # ~2197

工作流 — 靶点配体画像（HGNC → 全部获批药物，pKi ≥ 阈值）：

import requests, pandas as pd
BASE = "https://www.guidetopharmacology.org/services"

def target_profile(gene, min_pki=8.0):
    t = requests.get(f"{BASE}/targets", params={"geneSymbol": gene}, timeout=30).json()
    if not t: return None
    tid = t[0]["targetId"]
    rows = []
    for i in requests.get(f"{BASE}/targets/{tid}/interactions", timeout=60).json():
        if i.get("affinityParameter") != "pKi":
            continue
        try: pki = float(i.get("affinity"))      # 跳过区间/限定符行
        except (TypeError, ValueError): continue
        if pki < min_pki: continue
        lig = requests.get(f"{BASE}/ligands/{i['ligandId']}", timeout=30).json()
        rows.append({"ligand": i["ligandName"], "type": i.get("type"), "pki": pki,
                     "approved": lig.get("approved"), "withdrawn": lig.get("withdrawn")})
    return pd.DataFrame(rows).sort_values("pki", ascending=False)

print(target_profile("OPRM1", 8.0).head(10).to_string(index=False))

配方 — 经 GtoPdb 解析基因符号 → UniProt：

def gene_to_uniprot(symbol):
    t = requests.get(f"{BASE}/targets", params={"geneSymbol": symbol}, timeout=30).json()
    if not t: return None
    for x in requests.get(f"{BASE}/targets/{t[0]['targetId']}/databaseLinks", timeout=30).json():
        if x.get("database") == "UniProtKB" and x.get("species") == "Human":
            return x["accession"]
print(gene_to_uniprot("OPRM1"), gene_to_uniprot("ADRB2"))  # P35372 P07550

注意事项

• 解析靶点只用 geneSymbol=/accession=，绝不用 name=：name= 跨字段模糊匹配，静默返回错误靶点。
• 基础记录无业务字段：target["hgncSymbol"]/target["uniprotId"]、ligand["smiles"]/pubchemCid 全部 KeyError——去 /databaseLinks、/structure、/synonyms 取。
• 相互作用过滤只走 /targets/{id}/interactions 或 /ligands/{id}/interactions：/interactions?targetId=… 静默忽略过滤，返回约 28 万行。
• 获批药物用 type=Approved 服务端别名：approved=true 查询参数被忽略。
• affinity 是字符串：可为区间（"8.5-9.0"）或带限定符（"~7.5",">8"），直接 float() 会 ValueError；统一 pd.to_numeric(s, errors="coerce")，需要时手工解析区间。
• 家族端点是 /targets/families，/families 返回 404。
• 相互作用上没有 ligandType 字段：想按获批过滤交互记录，要回查配体记录的 approved 标志，不能在交互端点上传 ligandType="Approved"（返回空）。
• 跨研究比较亲和力：优先用归一化的 affinityParameter（p 值即 -log10 标度），同参数才可直接比。

互见

• related：chembl-bioactivity-database —— 同类靶点的大规模生物活性（240 万+ 化合物），覆盖更广、标注更浅
• related：pubchem-compound-search —— 以化合物为中心的化学信息学，可经 /ligands/{id}/databaseLinks 的 PubChem CID 交叉引用
• related：uniprot-protein-database —— 解析 GtoPdb 交叉引用出的 UniProt accession 的蛋白详情
• related：opentargets-database —— 将药物-靶点证据关联到疾病
• combines_with：cheminformatics-toolkit —— 取到 SMILES 后做指纹/描述符/分子操作
• combines_with：autodock-vina-docking —— 用 GtoPdb 配体与靶点做分子对接
• combines_with：deepchem-drug-discovery —— 将亲和力数据喂入药物发现建模

参考：GtoPdb 官网 https://www.guidetopharmacology.org/ ｜ Web Services API https://www.guidetopharmacology.org/webServices.jsp ｜ 命名与策展 https://www.guidetopharmacology.org/helpPage.jsp ｜ Harding SD et al. "The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2024." Nucleic Acids Research 52(D1): D1438–D1449 (2024). https://doi.org/10.1093/nar/gkad944

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采编自 jaechang-hits/SciAgent-Skills（CC-BY-4.0）。