Squidpy

Squidpy - Spatial Single Cell Analysis in Python

概述

Squidpy 是一个用于分析和可视化空间分子数据的 Python 工具包。它构建在 scanpy 和 anndata 之上，继承了模块化和可扩展性。Squidpy 提供了利用数据空间坐标以及组织图像（如果可用）的分析工具。

Squidpy 是 scverse 生态系统（website, governance）的核心组件，与 scanpy、anndata、muon、spatialdata-io 等工具紧密集成。

MCP DeepWiki 集成：本 skill 完全支持通过 MCP DeepWiki 获取 squidpy 的最新文档和信息。当需要最新 API 文档、教程、特定函数的使用说明或遇到问题时，强烈建议使用 DeepWiki 查询功能。DeepWiki 提供对 scverse/squidpy GitHub 仓库的深度访问，确保获取的信息是最新和准确的。使用方法见"资源"部分的详细说明。

核心模块

Squidpy 的 API 组织为几个主要模块，所有函数都通过 squidpy 命名空间暴露：

空间图分析模块 (squidpy.gr)

用于构建和分析空间邻域图，计算空间统计量：

空间图构建：

• squidpy.gr.spatial_neighbors: 从空间坐标构建空间邻域图（支持 KNN、Delaunay 三角剖分、半径方法）
• squidpy.gr.mask_graph: 使用多边形掩码进行空间图过滤

空间统计：

• squidpy.gr.spatial_autocorr: 计算 Moran's I 或 Geary's C 空间自相关统计量
• squidpy.gr.co_occurrence: 计算细胞类型簇的共现概率
• squidpy.gr.ripley: 计算 Ripley's 统计量（F、G 或 L）
• squidpy.gr.sepal: 通过基于扩散的模拟识别空间可变基因

邻域分析：

• squidpy.gr.nhood_enrichment: 执行基于排列的邻域富集测试
• squidpy.gr.centrality_scores: 计算网络中心性度量
• squidpy.gr.interaction_matrix: 生成簇-簇相互作用矩阵

生态位分析：

• squidpy.gr.calculate_niche: 使用不同算法识别空间生态位（neighborhood profile、UTAG、CellCharter）

配体-受体分析：

• squidpy.gr.ligrec: 执行配体-受体相互作用分析

图像分析模块 (squidpy.im)

提供组织图像分析和特征提取功能：

图像容器：

• squidpy.im.ImageContainer: 存储多维图像，支持大图像的延迟加载

特征提取：

• squidpy.im.features_summary: 计算图像通道的摘要统计
• squidpy.im.features_histogram: 计算直方图特征
• squidpy.im.features_texture: 计算纹理特征
• squidpy.im.features_segmentation: 计算分割特征
• squidpy.im.features_custom: 使用自定义函数计算特征

图像处理：

• ImageContainer.apply: 对图像层应用函数
• ImageContainer.crop: 裁剪图像
• ImageContainer.to_gray: 转换为灰度图像

可视化模块 (squidpy.pl)

提供可视化函数，通常镜像 squidpy.gr 函数来绘制结果：

空间可视化：

• squidpy.pl.spatial_scatter: 在空间坐标中绘制散点图
• squidpy.pl.spatial: 通用空间可视化

统计可视化：

• squidpy.pl.nhood_enrichment: 邻域富集可视化
• squidpy.pl.centrality_scores: 中心性得分可视化
• squidpy.pl.interaction_matrix: 相互作用矩阵可视化
• squidpy.pl.ripley: Ripley's 统计量可视化
• squidpy.pl.ligrec: 配体-受体相互作用可视化

图像可视化：

• squidpy.pl.image_container: 可视化图像容器

数据导入模块 (squidpy.read)

提供从各种平台导入空间组学数据的函数：

平台特定读取器：

• squidpy.read.visium: 加载 10x Genomics Visium 数据
• squidpy.read.vizgen: 导入 Vizgen MERFISH 数据
• squidpy.read.nanostring: 处理 Nanostring CosMx 数据

注意：对于某些平台，也可以使用 spatialdata-io 包进行数据读取，它提供了更统一的数据格式（SpatialData 对象）。强烈建议使用 spatialdata-io skill 来读取以下平台的数据：

• spatialdata_io.xenium: 读取 10x Xenium 数据
• spatialdata_io.merscope: 读取 Vizgen MERSCOPE (MERFISH) 数据
• spatialdata_io.cosmx: 读取 Nanostring CosMx 数据
• spatialdata_io.codex: 读取 Akoya PhenoCycler (CODEX) 数据
• spatialdata_io.visium_hd: 读取 10x Visium HD 数据
• spatialdata_io.seqfish: 读取 Spatial Genomics seqFISH 数据
• spatialdata_io.stereoseq: 读取 BGI Stereo-seq 数据
• spatialdata_io.dbit: 读取 DBiT-seq 数据
• spatialdata_io.curio: 读取 Curio Seeker 数据

使用 spatialdata-io 读取的数据是 SpatialData 对象，可以通过 sdata.tables["table"] 提取 AnnData 对象用于后续分析。

数据集模块 (squidpy.datasets)

提供示例数据集用于测试和演示：

• squidpy.datasets.visium_fluo_adata: Visium 荧光数据示例
• squidpy.datasets.imaging_mass_cytometry: 成像质谱流式数据示例
• squidpy.datasets.seqfish: seqFISH 数据示例

数据读取方法对比

方法 1: 使用 squidpy.read（直接读取为 AnnData）

适用平台：

• 10x Visium（推荐）
• Vizgen MERFISH
• Nanostring CosMx

优点：

• 直接返回 AnnData 对象，与 scanpy 无缝集成
• 简单直接，适合快速分析

缺点：

• 支持的平台有限
• 图像和多模态数据处理能力较弱

方法 2: 使用 spatialdata-io（读取为 SpatialData，推荐用于大多数平台）

适用平台：

• 10x Xenium（强烈推荐）
• 10x Visium HD（推荐）
• Vizgen MERSCOPE / MERFISH（推荐）
• Nanostring CosMx（推荐）
• Akoya PhenoCycler (CODEX)（必须使用）
• Spatial Genomics seqFISH（推荐）
• BGI Stereo-seq（推荐）
• DBiT-seq（推荐）
• Curio Seeker（推荐）

优点：

• 统一的数据格式（SpatialData 对象）
• 更好的图像和多模态数据支持
• 支持更多平台
• 自动处理数据格式转换和坐标系统
• 支持多分辨率图像金字塔

缺点：

• 需要从 SpatialData 提取 AnnData（sdata.tables["table"]）

使用 spatialdata-io skill： 当需要读取上述平台的数据时，强烈建议调用 spatialdata-io skill，它提供了完整的文档和示例。spatialdata-io skill 包含：

• 所有 reader 函数的详细 API 文档
• 每个平台的具体使用示例
• 坐标系统和转换的详细说明
• 最佳实践和性能优化建议

不同测序平台的分析示例

10x Visium 数据分析

方法 1: 使用 squidpy.read.visium（推荐）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import numpy as np

# 设置参数
sc.settings.verbosity = 3
sc.settings.set_figure_params(dpi=80, facecolor='white')
np.random.seed(42)

# 1. 加载 Visium 数据
adata = sq.read.visium(
    path="data/visium_data/",
    library_id="sample1",
    counts_file="filtered_feature_bc_matrix.h5",
    load_images=True
)

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（网格坐标）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="grid", n_neighs=6)
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", library_id="sample1")
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

方法 2: 使用 spatialdata-io（适用于 Visium HD）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import visium_hd
from spatialdata import SpatialData

# 1. 加载 Visium HD 数据（必须使用 spatialdata-io）
sdata = visium_hd(
    path="data/visium_hd_data/",
    bin_size=[8, 16],  # 加载 8μm 和 16μm bins
    bins_as_squares=True
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData
adata = sdata.tables["table"]

# 2-4. 后续分析与上述相同

10x Xenium 数据分析

推荐方法: 使用 spatialdata-io（强烈推荐）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import xenium
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

# 设置随机种子
np.random.seed(42)

# 1. 加载 Xenium 数据（推荐使用 spatialdata-io）
sdata = xenium(
    path="data/xenium_data/",
    cells_boundaries=True,
    nucleus_boundaries=True,
    transcripts=True,
    morphology_focus=True,
    aligned_images=True
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData 对象
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 标准预处理（Xenium 是单细胞分辨率，数据质量通常较高）
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（Xenium 使用通用坐标，单细胞分辨率）
# 使用 KNN 方法，根据细胞密度调整参数
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)
# 或使用半径方法（例如 50 微米）
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=50)

# 空间统计
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)
sq.gr.co_occurrence(adata, cluster_key="leiden")

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", size=1.0)
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

# 5. 图像特征提取（如果可用）
if "morphology_focus" in sdata.images:
    img = sdata.images["morphology_focus"]
    sq.im.calculate_image_features(
        adata,
        img,
        features="summary",
        library_id="xenium"
    )

Vizgen MERFISH / MERSCOPE 数据分析

方法 1: 使用 squidpy.read.vizgen

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 Vizgen MERFISH 数据
adata = sq.read.vizgen(
    path="data/vizgen_data/",
    library_id="sample1",
    counts_file="cell_by_gene.csv",
    meta_file="cell_metadata.csv",
    transformation_file="transformation_matrix.txt"  # 可选
)

# 2-4. 后续分析与上述相同

方法 2: 使用 spatialdata-io（推荐用于 MERSCOPE）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import merscope
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 MERSCOPE 数据（推荐使用 spatialdata-io）
sdata = merscope(
    path="data/merscope_data/",
    transcripts=True,
    cells_boundaries=True
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData 对象
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（MERFISH 使用通用坐标，单细胞分辨率）
# MERFISH 细胞密度较高，可以使用较小的半径或较多的邻居
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=15)
# 或使用半径方法
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=30)

# 空间统计
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", size=0.5)
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

Nanostring CosMx 数据分析

方法 1: 使用 squidpy.read.nanostring

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 CosMx 数据
adata = sq.read.nanostring(
    path="data/cosmx_data/",
    library_id="sample1",
    counts_file="exprMat_file.csv",
    meta_file="metadata_file.csv",
    fov_file="fov_positions.csv"  # 可选
)

# 2-4. 后续分析与上述相同

方法 2: 使用 spatialdata-io（推荐）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import cosmx
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 CosMx 数据（推荐使用 spatialdata-io）
sdata = cosmx(
    path="data/cosmx_data/",
    transcripts=True,
    cells=True
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData 对象
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（CosMx 使用通用坐标）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden")
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

CODEX / Akoya PhenoCycler 空间蛋白质组学数据分析

必须使用 spatialdata-io（squidpy 不直接支持）

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import codex
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 CODEX 数据（必须使用 spatialdata-io）
codex_path = "path/to/codex_data/"
# 如果数据是 FCS 格式，使用 fcs=True；如果是 CSV，使用 fcs=False
sdata = codex(codex_path, fcs=True)

# 从 SpatialData 对象中提取 AnnData
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 预处理（蛋白质组学数据）
# 过滤低质量细胞
sc.pp.filter_cells(adata, min_counts=1000)
# 对数转换
sc.pp.log1p(adata)
# 可选：标准化（z-score）
sc.pp.scale(adata)
# PCA 降维
sc.pp.pca(adata, n_comps=30)

# 3. 空间邻域图（CODEX 使用通用坐标，细胞不规则分布）
# 使用半径方法，根据细胞间距调整（例如 50 像素）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=50)

# 4. 聚类
sc.pp.neighbors(adata, use_rep="X_pca")
sc.tl.leiden(adata, resolution=1.0, random_state=42)
adata.obs["cluster"] = adata.obs["leiden"]

# 5. 空间统计分析
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="cluster", n_perms=1000, seed=42)
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)

# 6. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="cluster", shape=None, size=20)
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="cluster")

# 7. 图像特征提取（如果可用）
if "image_name" in sdata.images:
    img = sdata.images["image_name"]
    sq.im.calculate_image_features(
        adata,
        img,
        features=["summary", "texture"],
        mask=None  # 如果有分割掩码，可以使用
    )

seqFISH 数据分析

推荐使用 spatialdata-io

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import seqfish
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 seqFISH 数据（推荐使用 spatialdata-io）
sdata = seqfish(
    path="data/seqfish_data/",
    cells_as_shapes=True
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（seqFISH 使用通用坐标）
# seqFISH 通常具有较高的空间分辨率
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", delaunay=True)
# 或使用 KNN
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)

sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden")
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

Stereo-seq 数据分析

推荐使用 spatialdata-io

import scanpy as sc
import squidpy as sq
from spatialdata_io import stereoseq
from spatialdata import SpatialData
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载 Stereo-seq 数据（推荐使用 spatialdata-io）
sdata = stereoseq(
    path="data/stereoseq_data/",
    cells=True,
    bins=None  # 或指定 bin 大小
)

# 从 SpatialData 提取 AnnData
adata = sdata.tables["table"]

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析（Stereo-seq 使用通用坐标，可能具有非常高的分辨率）
# Stereo-seq 数据密度可能很高，需要根据实际情况调整参数
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)
# 或使用半径方法
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=100)

sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", size=0.1)
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

通用空间数据格式分析

对于其他格式的空间数据，如果已经加载到 AnnData 对象中，可以按照以下步骤进行分析：

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import pandas as pd
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 准备数据
# 确保 adata 包含：
# - 基因表达矩阵在 adata.X
# - 空间坐标在 adata.obsm['spatial']
# - 空间坐标格式为 (x, y) 或 (x, y, z)

# 如果没有空间坐标，需要手动添加
# adata.obsm['spatial'] = np.array([[x, y] for x, y in zip(adata.obs['x'], adata.obs['y'])])

# 2. 标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 空间分析
# 根据数据特点选择合适的方法：
# - 均匀分布：使用 Delaunay 三角剖分
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", delaunay=True)
# - 非均匀分布：使用 KNN
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)
# - 已知空间尺度：使用半径方法
# sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=50)

# 空间统计
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden")
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

标准工作流程

1. 数据加载

Squidpy 支持多种空间组学平台的数据读取。可以使用 squidpy.read 模块直接读取，也可以使用 spatialdata-io 包读取（推荐用于某些平台，提供更统一的数据格式）。

选择读取方法的建议

• Visium: 使用 sq.read.visium（squidpy 原生支持）
• Xenium, MERSCOPE, CosMx, Visium HD, seqFISH, Stereo-seq: 推荐使用 spatialdata-io，提供更好的数据格式和图像支持
• CODEX: 必须使用 spatialdata-io（squidpy 不直接支持）
• 其他平台: 需要手动准备数据，确保空间坐标存储在 adata.obsm['spatial'] 中

2. 标准单细胞分析（使用 scanpy）

import scanpy as sc
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 质量控制和预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]

# 降维和聚类
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

3. 构建空间邻域图

import squidpy as sq

# 构建空间邻域图（使用 Delaunay 三角剖分）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", delaunay=True)

# 或使用 KNN 方法
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=6)

# 或使用半径方法
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", radius=100)

# 对于网格坐标（如 Visium）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="grid", n_neighs=6)

4. 空间统计分析

# 空间自相关分析（Moran's I）
sq.gr.spatial_autocorr(
    adata,
    mode="moran",
    n_perms=100,
    n_jobs=1
)

# 查看结果
print(adata.uns["moranI"])

# 共现分析
sq.gr.co_occurrence(adata, cluster_key="leiden")

# 邻域富集分析
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 中心性得分
sq.gr.centrality_scores(adata, cluster_key="leiden")

# 相互作用矩阵
sq.gr.interaction_matrix(adata, cluster_key="leiden")

5. 空间生态位分析

# 使用 neighborhood profile 方法
sq.gr.calculate_niche(
    adata,
    flavor="neighborhood",
    groups="leiden",
    n_neighbors=10,
    resolutions=[0.5, 1.0, 1.5]
)

# 使用 UTAG 方法
sq.gr.calculate_niche(
    adata,
    flavor="utag",
    n_neighbors=10,
    resolutions=[0.5, 1.0]
)

# 使用 CellCharter 方法
sq.gr.calculate_niche(
    adata,
    flavor="cellcharter",
    distance=2,
    aggregation="mean",
    random_state=42
)

6. 配体-受体分析

# 执行配体-受体相互作用分析
sq.gr.ligrec(
    adata,
    cluster_key="leiden",
    n_perms=1000,
    threshold=0.01
)

# 查看结果
print(adata.uns["ligrec"])

7. 图像分析（如果可用）

# 加载图像
img = sq.im.ImageContainer(adata.uns["spatial"]["sample1"]["images"]["hires"])

# 提取图像特征
sq.im.calculate_image_features(
    adata,
    img,
    features="summary",
    library_id="sample1"
)

# 或提取纹理特征
sq.im.calculate_image_features(
    adata,
    img,
    features="texture",
    library_id="sample1"
)

# 或使用自定义特征提取函数
def custom_feature(img):
    return np.mean(img, axis=(0, 1))

sq.im.calculate_image_features(
    adata,
    img,
    features="custom",
    feature_func=custom_feature,
    library_id="sample1"
)

8. 可视化

# 空间散点图
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", library_id="sample1")

# 邻域富集热图
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

# 中心性得分可视化
sq.pl.centrality_scores(adata, cluster_key="leiden")

# 相互作用矩阵可视化
sq.pl.interaction_matrix(adata, cluster_key="leiden")

# Ripley's 统计量可视化
sq.pl.ripley(adata, cluster_key="leiden", mode="L")

# 配体-受体相互作用可视化
sq.pl.ligrec(adata, cluster_key="leiden")

与 scanpy 集成工作流程

Squidpy 与 scanpy 无缝集成，可以在同一个 AnnData 对象上执行标准单细胞分析和空间分析：

import scanpy as sc
import squidpy as sq
import numpy as np

np.random.seed(42)

# 1. 加载数据
adata = sq.read.visium(path="data/visium_data/")

# 2. 使用 scanpy 进行标准预处理
sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, percent_top=None, log1p=False, inplace=True)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
adata = adata[:, adata.var.highly_variable]
sc.pp.scale(adata, max_value=10)
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)

# 3. 使用 squidpy 进行空间分析
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="grid", n_neighs=6)
sq.gr.spatial_autocorr(adata, mode="moran", n_perms=100, n_jobs=1)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)

# 4. 可视化
sc.pl.umap(adata, color="leiden")
sq.pl.spatial_scatter(adata, color="leiden", library_id="sample1")
sq.pl.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden")

最佳实践

1. 空间图构建方法选择

不同平台需要选择不同的空间图构建方法：

• 网格坐标（Visium）：使用 coord_type="grid"，通常 n_neighs=6（六边形网格）

• 通用坐标（单细胞分辨率平台）：

  • Visium、Xenium、MERFISH、CosMx、MERSCOPE：使用 coord_type="generic"
  • Delaunay 三角剖分：适用于均匀分布的点，delaunay=True（如 seqFISH）
  • KNN：适用于非均匀分布，n_neighs=6-15（根据细胞密度调整）
    • Xenium、MERFISH、CosMx：通常 n_neighs=10-15
    • MERSCOPE：通常 n_neighs=10
  • 半径方法：适用于已知空间尺度的分析，radius=30-100（单位取决于坐标）
    • CODEX：通常 radius=50（像素单位）
    • Xenium：通常 radius=50（微米单位）
    • MERFISH：通常 radius=30（微米单位）

• 空间蛋白质组学（CODEX、IMC 等）：

  • 使用 coord_type="generic"，通常使用半径方法
  • 根据细胞间距调整半径参数

2. 空间统计参数设置

• Moran's I：
  • n_perms: 通常 100-1000，取决于数据大小和计算资源
  • mode: "moran" 或 "geary"，Moran's I 更常用
• 邻域富集：
  • n_perms: 通常 100-1000
  • n_neighs: 应与空间图构建时的邻居数一致
  • seed: 设置随机种子以确保结果可重现
• Ripley's 统计量：
  • n_simulations: 通常 100-1000
  • n_observations: 通常 1000
  • n_steps: 通常 50

3. 生态位分析方法选择

• neighborhood profile：适用于需要基于细胞类型邻域分布的分析
• UTAG：适用于快速、可扩展的生态位识别
• CellCharter：适用于需要基于图距离的生态位识别

4. 图像特征提取

• summary: 快速摘要统计（均值、中位数、分位数）
• texture: 纹理特征（GLCM、LBP 等）
• histogram: 直方图特征
• segmentation: 分割相关特征
• custom: 使用自定义函数提取特征

5. 内存和性能优化

• 对于大型数据集，使用 n_jobs 参数进行并行化
• 图像处理时使用 lazy=True 进行延迟加载
• 使用 chunks 参数控制 Dask 数组的块大小

6. 随机种子设置

重要：为了确保结果可重现，所有涉及随机性的函数都应该设置随机种子：

import numpy as np
np.random.seed(42)

# 在函数调用中设置 seed 参数
sc.tl.leiden(adata, resolution=0.5, random_state=42)
sq.gr.nhood_enrichment(adata, cluster_key="leiden", n_perms=100, seed=42)
sq.gr.calculate_niche(adata, flavor="cellcharter", random_state=42)

常见问题排查

空间坐标未找到

确保空间坐标存储在 adata.obsm['spatial'] 中：

# 检查空间坐标
print(adata.obsm['spatial'])

# 如果没有，手动添加
import numpy as np
adata.obsm['spatial'] = np.array([[x, y] for x, y in zip(adata.obs['x'], adata.obs['y'])])

图像数据未找到

确保图像数据存储在 adata.uns['spatial'][library_id]['images'] 中：

# 检查图像数据
print(adata.uns['spatial'].keys())
print(adata.uns['spatial']['sample1']['images'].keys())

空间图构建失败

• 检查坐标类型是否正确（grid vs generic）
• 确保坐标不为空且格式正确
• 对于网格坐标，确保使用 coord_type="grid"

内存不足

• 使用 n_jobs=1 减少并行化
• 对于图像处理，使用 lazy=True 和适当的 chunks
• 考虑对数据进行下采样

与 scverse 生态系统集成

与 scanpy 集成

Squidpy 完全兼容 scanpy，可以在同一个 AnnData 对象上使用两个包的功能。

与 SpatialData 集成

Squidpy 支持 SpatialData 格式，提供更统一的空间数据表示。推荐使用 spatialdata-io 包读取数据，它返回 SpatialData 对象：

from spatialdata_io import xenium, merscope, cosmx, codex
from spatialdata import SpatialData
import squidpy as sq

# 使用 spatialdata-io 读取数据（返回 SpatialData 对象）
sdata = xenium(path="data/xenium_data/")
# 或
# sdata = merscope(path="data/merscope_data/")
# sdata = cosmx(path="data/cosmx_data/")
# sdata = codex(path="data/codex_data/", fcs=True)

# 从 SpatialData 提取 AnnData 进行分析
adata = sdata.tables["table"]

# 使用 squidpy 进行空间分析（可以直接使用 SpatialData 或 AnnData）
sq.gr.spatial_neighbors(adata, coord_type="generic", n_neighs=10)
# 或直接使用 SpatialData 对象
sq.gr.spatial_neighbors(sdata, coord_type="generic", n_neighs=10)

# 如果 SpatialData 包含图像，可以访问
if "image_name" in sdata.images:
    img = sdata.images["image_name"]
    sq.im.calculate_image_features(adata, img, features="summary")

spatialdata-io 的优势：

• 统一的数据格式（SpatialData 对象）
• 更好的图像和多模态数据支持
• 支持更多平台（Xenium、MERSCOPE、CosMx、CODEX 等）
• 自动处理数据格式转换和坐标系统

使用 spatialdata-io skill： 当需要读取 Xenium、MERSCOPE、CosMx、CODEX、Visium HD、seqFISH、Stereo-seq 等平台的数据时，强烈建议调用 spatialdata-io skill，它提供了：

• 所有 reader 函数的详细 API 文档
• 每个平台的具体使用示例和最佳实践
• 坐标系统和转换的详细说明
• 性能优化建议

与 napari 集成（已弃用）

注意：原始的 napari 插件已移至 napari-spatialdata。建议使用新的插件进行交互式可视化。

资源

references/

• api_reference.md: 完整的 API 参考文档，包含所有函数的详细说明
• workflows.md: 详细的工作流程示例和常见分析模式
• tutorials.md: 官方教程和示例 notebook 参考

官方资源

• 文档: https://squidpy.readthedocs.io/
• GitHub: https://github.com/scverse/squidpy
• 教程和示例: https://github.com/scverse/squidpy_notebooks
• 社区论坛: https://discourse.scverse.org/
• spatialdata-io: https://spatialdata.scverse.org/projects/io/ - 用于读取多种空间组学平台数据（推荐用于 Xenium、MERSCOPE、CosMx、CODEX 等）

使用 MCP DeepWiki 获取最新信息

重要：本 skill 完全支持通过 MCP DeepWiki 获取 squidpy 的最新文档和信息。DeepWiki 提供了对 scverse/squidpy GitHub 仓库的深度访问，可以获取最新的 API 文档、教程和工作流程。强烈建议在需要最新信息或遇到问题时使用 DeepWiki 查询功能。

DeepWiki 工具使用

可用的 DeepWiki MCP 工具：

1. mcp_deepwiki_ask_question - 向 squidpy 仓库提问，获取详细答案

   • repoName: "scverse/squidpy"
   • question: 你的问题（用英文提问效果更好）
   • 用途：获取特定函数、工作流程、最佳实践的详细说明

2. mcp_deepwiki_read_wiki_structure - 获取 squidpy 的文档结构

   • repoName: "scverse/squidpy"
   • 用途：了解 squidpy 文档的组织结构

3. mcp_deepwiki_read_wiki_contents - 读取 squidpy 的文档内容

   • repoName: "scverse/squidpy"
   • 用途：获取完整的文档内容

常见查询场景

1. 查询特定函数的使用方法：

# 使用 mcp_deepwiki_ask_question
# repoName: "scverse/squidpy"
# question: "What is the sq.gr.spatial_neighbors function and how to use it? Please provide detailed API documentation, parameters, and usage examples."

2. 获取所有数据读取方法：

# question: "What are all the data reading methods in squidpy.read module? Please list all readers with their parameters and usage examples for different sequencing technologies."

3. 获取完整的 API 参考：

# question: "What is the complete API reference for squidpy? Please provide all functions in sq.gr, sq.im, sq.pl, and sq.read modules with detailed parameters and return values."

4. 查询特定平台的分析方法：

# question: "How to analyze Xenium data using squidpy? Please provide complete workflow examples including data reading, preprocessing, spatial analysis, and visualization."

5. 获取工作流程示例：

# question: "What is the complete workflow for analyzing spatial omics data using squidpy? Please provide step-by-step examples including data reading, spatial graph construction, spatial statistics, and visualization."

6. 查询空间统计方法：

# question: "How does squidpy compute spatial statistics like Moran's I, co-occurrence, and neighborhood enrichment? Please provide detailed examples with parameter settings."

7. 查询图像分析功能：

# question: "How to extract image features from tissue images using squidpy? Please provide examples for summary, texture, histogram, and custom feature extraction."

8. 查询生态位分析方法：

# question: "What are the different niche analysis methods in squidpy (neighborhood profile, UTAG, CellCharter)? Please provide detailed examples and when to use each method."

9. 查询最佳实践：

# question: "What are the best practices for using squidpy? Please provide recommendations for spatial graph construction, parameter settings, performance optimization, and reproducibility."

10. 查询与 spatialdata-io 的集成：

# question: "How to integrate squidpy with spatialdata-io for reading spatial omics data? Please provide examples for Xenium, MERSCOPE, CosMx, and other platforms."

使用建议：

• 优先使用 DeepWiki：当需要最新信息时，优先使用 DeepWiki 查询而不是静态文档
• 特定 API 查询：对于特定函数的详细 API、参数说明，使用 DeepWiki 获取最新文档
• 复杂场景：对于复杂的使用场景、集成问题，使用 DeepWiki 获取官方教程和工作流程
• 问题排查：遇到错误或问题时，使用 DeepWiki 查询解决方案和最佳实践
• 时效性保证：DeepWiki 提供的信息基于 GitHub 仓库的最新代码，确保信息的时效性和准确性

示例使用场景：

当你在使用 squidpy 时遇到问题或需要最新信息，可以这样使用 DeepWiki：

# 场景 1: 需要了解特定函数的详细参数
# 使用 mcp_deepwiki_ask_question 工具
# repoName: "scverse/squidpy"
# question: "What are all the parameters for sq.gr.spatial_neighbors function? Please provide detailed parameter descriptions and default values."

# 场景 2: 需要完整的工作流程示例
# question: "What is the complete workflow for analyzing Visium data using squidpy? Please provide step-by-step code examples including data reading, preprocessing, spatial analysis, and visualization."

# 场景 3: 遇到错误需要解决方案
# question: "How to fix spatial coordinate errors when using squidpy? Please provide solutions and best practices."

# 场景 4: 需要了解不同平台的数据读取方法
# question: "What are the different methods to read spatial omics data in squidpy? Please compare squidpy.read and spatialdata-io methods with examples for Visium, Xenium, MERFISH, and CosMx."

关键注意事项

1. AnnData 结构：理解 adata.obsm['spatial']（空间坐标）和 adata.uns['spatial']（图像数据）的结构
2. 坐标类型：区分 grid（网格，如 Visium）和 generic（通用坐标）
3. 空间图存储：空间图存储在 adata.obsp['spatial_connectivities'] 和 adata.obsp['spatial_distances']
4. 数据读取：对于 Xenium、MERSCOPE、CosMx、CODEX、Visium HD、seqFISH、Stereo-seq 等平台，推荐使用 spatialdata-io 包读取数据，它提供更统一的数据格式（SpatialData 对象）和更好的图像支持。强烈建议调用 spatialdata-io skill 获取详细的文档和示例。
5. 版本兼容性：注意 squidpy 版本与依赖包的兼容性（scanpy、anndata、numpy、pandas、spatialdata 等）
6. 随机性：设置随机种子以确保结果可重现（seed 或 random_state 参数）
7. 并行化：使用 n_jobs 参数控制并行化，注意内存使用
8. MCP DeepWiki 集成：充分利用 DeepWiki 获取最新文档和解决方案

引用

如果使用 Squidpy，请引用：

Squidpy: a scalable framework for spatial omics analysis
Giovanni Palla, Hannah Spitzer, Michal Klein, David Fischer, Anna Christina Schaar, Louis Benedikt Kuemmerle, Sergei Rybakov, Ignacio L. Ibarra, Olle Holmberg, Isaac Virshup, Mohammad Lotfollahi, Sabrina Richter, Fabian J. Theis
Nature Methods 2022. doi: 10.1038/s41592-021-01358-2.